fasta ping 다운로드

segemehl은 참조 게놈에 짧은 시퀀서 읽기를 매핑하는 소프트웨어입니다. segemehl은 향상된 접미사 배열(ESA)을 기반으로 매칭 전략을 구현합니다. segemehl은 fasta 및 fastq 쿼리 (gzip`ed 및 bgzip`ed)를 허용합니다. 표준 DNA-및 RNA-seq 프로토콜로부터의 판독의 정렬 외에도, 바이술피테 변환 된 읽기 (리스터 및 코쿠스)의 매핑을 허용하고 분할 읽기 매핑 전략을 구현합니다. segemehl의 출력은 SAM 또는 BAM 형식의 정렬 파일입니다. 분할 읽기 매핑의 경우 추가 BED 파일이 디스크에 기록됩니다. 이러한 BED 파일은 후처리 도구 haarz로 요약될 수 있다. 비설피의 정렬의 경우 변환 된 읽기, 원시 메틸화 속도는 또한 haarz로 호출 될 수있다. 어댑터 클리핑 지원이 중단되었습니다. 그래도 이 기능이 필요한 경우 작성자에게 문의하십시오.

참조: 다운로드한 데이터가 불완전하거나 손상된 것처럼 보입니까 – 다운로드 문제에 대한 도움을 받으시면 어떻게 해야 하나요? 다음은 README 파일 및 도움말 페이지와 자주 다운로드되는 일부 파일에 대한 링크와 함께 FTP 사이트의 주요 섹션입니다: 페어링 된 끝 또는 메이트 쌍 매핑의 경우 두 개의 fastq 또는 fasta 파일이 필요합니다. 첫 번째 메이트는 [-q,–query ] 매개변수와 함께 제공되며, 두 번째 메이트 쌍/페어링된 끝은 [-p, –mate ]와 함께 제공됩니다. 매개 변수 [-I, –maxinsertsize ] 단지 읽기 매퍼의 내부 알고리즘에 영향을 미칩니다. 페어링된 끝 또는 메이트 쌍 읽기의 매핑 시간에 중요한 영향을 미치지만 출력에 영향을 미치지 않아야 합니다. 특히 [-I, -maxinsertsize ]는 필터가 아니며 더 큰 삽입 크기를 가진 읽기 쌍은 제거되지 않습니다. UniProt는 4주마다 업데이트됩니다(업데이트에 대한 자동 알림을 받는 방법에 대한 FAQ 참조). 검색 결과 페이지의 다운로드 링크를 따라 이 웹 사이트에서 직접 작은 데이터 세트 및 하위 집합을 다운로드할 수 있습니다. 전체 데이터 세트를 다운로드할 때는 ftp.uniprot.org 사용하는 것이 좋습니다. 유럽, 중동 또는 아프리카에 거주하는 경우 영국 또는 스위스의 미러 사이트에서 데이터를 다운로드할 수 있습니다. 보안 파일 전송 프로토콜을 사용해야 하는 경우 https를 통해 동일한 데이터를 다운로드할 수 있습니다.

segemehl 지원 (다중) 분할 읽기 매핑. 분할 읽기 맵-핑을 활성화하려면 [-S, –splits]라는 옵션만 제공하면 됩니다. 분할 판독 정렬은 ac-a[-A, –정확도 ]가 부족하기 때문에 읽기를 정렬할 수 없는 모든 경우에 트리거됩니다. 정렬 정확도는 실제로 분할 읽기 정렬을 받는 데 큰 영향을 미칩니다. 정확도 매개변수가 높을수록 분할 읽기 정렬에 대해 더 많은 읽기가 검색됩니다. segemehl에 의해 채택 된 분할 읽기 전략은 두 단계가 있습니다. 첫 번째 단계에서는 [-E, –evalue ] 및 [-M, –maxocc] 기준을 통과하는 모든 시드가 탐욕스러운 체인 링 접근 방식을 사용하여 연결됩니다. 이 시드 체인은 수정된 로컬 전환 정렬을 안내합니다. 이 정렬의 각 분할은 최소 점수 [-U, –minfragscore ]와 최소 길이 [-Z, –minfraglen]가 있어야 합니다.

로컬 정렬이 원래 읽기의 [-W, –minsplicecover ] 퍼센트를 포함하는 경우 분할 읽기 정렬이 허용됩니다. 분할 읽기는 SAM 형식으로 보고됩니다. 현재 SAM 형식과 달리 segemehl은 사용자 지정 SAM 태그를 사용하여 분할 읽기를 보고합니다. 긴 1 분할 보다 더 읽기. 따라서 다음 조각뿐만 아니라 사전 결속 조각을 저장하는 것이 더 convinient입니다. 아래에서 사용자 지정 SAM 태그에 대해 자세히 설명합니다. 분할 읽기 카운트가 있는 열에 추가된 부고가 부착됩니다. 이 경우 두 개의 겹침이 발견되었습니다.

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